El ninfeo de l´Almoina se interpreta ahora por los arqueólogos como un santuario/sanatorio dedicado a Asklepios, el dios de la medicina de origen griego, adoptado por los romanos en el siglo III a.e.c. El culto existiría desde poco después de la fundación de Valencia en el 138 a.e.c, y el edificio se mantendría en pie con ampliaciones y algunas modificaciones hasta la época visigótica.
En 2005 se descubrió una segunda piscina porticada, en posición simétrica a la que ya se conocía y se interpretó como ninfeo. Una prueba de la importancia de Asklepios en Valentia es que es la única divinidad romana de la que existen dos inscripciones en la ciudad. Gracias a Escolano sabemos de una inscripción dedicada a Asklepios que desapareció en el siglo XVI y la otra en la fachada de la Basílica de la Virgen de los Desamparados; de Venus, Júpiter e Isis se conoce solo una. Debido a estos indicios, se cree que debió de ser la divinidad principal y un Templo de gran relevancia en la ciudad.
La teoría de los arqueólogos es que el santuario/sanatorio se construyó en época republicana y las termas formarían parte del recorrido sacro, siendo una parte del santuario. El recinto se reconstruyó y se amplió después, en época imperial, pero sin destruir la piscina anterior. Se da la circunstancia de que este es el único edificio que no se tocó durante la destrucción de la ciudad en el 75 a.e.c. y que justo al lado se encontrara una pila bautismal visigoda, lo que apunta a que el edificio fue asimilado y aprovechado como baptisterio en los inicios del Cristianismo.